Asume el rol de un Pokémon explorador, para así investigar los misterios y enfrentarte a los peligros de cientos de laberintos en la primera entrega de la serie “Pokémon Mistery Dungeon” para 3DS.Cuando un misterioso sueño muestra como el misterioso pokémon Munna busca escapar de Hydreigon, un nuevo pokémon cae por uno de los misteriosos portales denominados como “magnagates”, despertando a otro pokémon que se encontraba tomando una merecida siesta; unidos por el destino, ambos pokémons deciden explorar sus alrededores en busca de pistas que expliquen la naturaleza de la misteriosa visión, lo que inicia una aventura por descubrir el secreto de las Magnagates y los eventos que llevaron a ambos pokémons a unir fuerzas.