Parejas de maestros y espíritus heroicos, también conocidos como sirvientes, han estado luchando a lo largo de la historia en una serie de Guerras del Santo Grial, donde la pareja ganadora recibe un antiguo artefacto que concede deseos. Fate/Samurai Remnant continúa la épica Guerra del Santo Grial en el cuarto año de la Era Keian, en el periodo Edo de Japón. Una batalla entre siete parejas de maestros y sirvientes está a punto de comenzar mientras el "Ritual de la Luna Creciente" se desarrolla en las sombras. Aquí es donde el héroe del juego, Miyamoto Iori, un joven en Asakusa, se ve atrapado en la violencia junto a su sirviente Saber, mientras luchan por ser la última pareja restante para recibir el otorgador de deseos, el "Vasija de la Luna Creciente".