Nuevo sellado.Tras los sucesos de Ground Zeroes, Punished Venom Snake despierta en un hospital de Chipre sin un brazo y pedazos de metralla incrustados en su cuerpo y escapa del mismo después de nueve años en coma tras haber sobrevivido al ataque de XOF a Militaires Sans Frontiers, ya que el mismo grupo militar se había enterado de que seguía con vida, así que deciden mandar a sus tropas para acabar con todo el personal médico incluido sus pacientes. Un tipo misterioso de nombre en clave 'Ishmael' lo ayuda a salir del hospital, no sin antes toparse con el Hombre de Fuego (Volgin), Psycho Mantis y Quiet. Después que la ambulancia en que escapaban se estrellara e Ishmael desapareciera, Ocelot lo rescata y en poco tiempo lo devuelve a la acción. La primera misión será ir a rescatar a Kazuhira Miller, que ha sido secuestrado en Afganistán cuando entrenaba los muyahadines de la región para defenderse contra la invasión por parte de la Unión Soviética. Tras su rescate es trasladado a la base madre, es ahí cuando crea junto a Big Boss Diamond Dogs, una organización mercenaria similar a Militaires Sans Frontiers. Empiezan los planes de mejorar y engrandecer la base madre con el objetivo de vengarse de Cipher (Los Patriotas). Posteriormente, descubren a Huey que está trabajando con XOF y van a por él.